Na základe celospoločenských zmien, ktoré sa odohrali v tomto období, sa začala v priebehu rokov 1990 – 1992 rozbiehať systematickejšia práca s mládežou. Do ECAV, ktorá je našim domácim prostredím, začali prichádzať stovky, ba až tisíce mladých, z čoho vyplynula potreba sieťovania, lepšej koordinácie aktivít a tvorby špecifických projektov. Ako najvhodnejšia forma pre SEM bolo zvolené občianske združenie, nakoľko vyhovovalo aktuálnym potrebám a nutnej flexibilite v práci s mládežou.

V prvých piatich rokoch fungovania SEM sme mali na jednej strane len minimálne zázemie – nedostatok financií, žiadne materiálno-technické vybavenie, jedno centrum (v Košiciach), iba jedného plnoúväzkového pracovníka a cca 200 dobrovoľníkov z celého Slovenka. Na druhej strane sme disponovali obrovským nadšením a elánom. V tomto období sa vypracovalo niekoľko typov programov, z ktorých prevládali predovšetkým vzdelávacie, umelecké a športové.

V tomto období sa podarilo získať niekoľko grantov, vďaka ktorým sa zrealizovalo viacerých nových projektov: Akadémia SEM, Danielova generácia, Mentorský kurz M1, nadstavbový kurz M2, Festivaly kresťanského umenia, Olympiáda SEM, Celoslovenské stretnutie mládeže, SEM-TEXT, Konferencia SEM.
Okrem týchto celoslovenských projektov sa rozbehla vo väčšej miere aj lokálna a regionálna práca vďaka silnému personálnemu a dobrovoľníckemu zázemiu. Z toho vyplynula potreba decentralizácie a inštitucionalizácie oblastných centier: Bratislava, Levice, Púchov, Dolný Kubín, Veľký Slavkov a Košice. V tomto období v SEM pracovalo 14 pracovníkov na plný úväzok a mali sme viac ako 3 000 členov.

Z redukcie grantových možností a úbytku podporovateľov vyplynula následne aj redukcia programov a celkovej ponuky organizácie. K tomuto sa pripojila zároveň aj generačná výmena pracovníkov a odchod kľúčových lídrov. Počet miestnych združení klesol na 46 a počet členov na 1 000.

Príchodom nových pracovníkov sa v tomto období opäť podarilo naštartovať činnosť vo väčšom meradle a to nielen celoslovensky, ale hlavne v regiónoch. Zastabilizovanie niektorých pracovných pozícií a hľadanie nových finančných možností umožnilo uskutočňovať nové pravidelné podujatia a aktivity. Vytvorili sa nové programy pre konfirmandov „konfivíkendovky“, začali sa pravidelné stretnutia vedúcich mládeží SVM, Semfest rozšíril svoju podobu a začalo sa s hosťovaním zahraničných dobrovoľníkov v rámci EDS. Stúpol počet dobrovoľníkov, spolupracovníkov ako aj miestnych združení či členov SEM.

V súčasnosti sa po čiastočnej výmene pracovníkov a ustálení finančných tokov SEM nachádza na medzníku, kedy treba uvažovať o jeho smerovaní do budúcna. Pokračujeme v projektoch, ktoré majú svoje pevné miesto v našich aktivitách (DVK, Semfest, Konferencia SEM, Helping Hand), rozbiehajú sa vo väčšej miere nové projekty (Konfivíkendovky, Stretnutia vedúcich mládeží) a naše misijné pole rozširujeme aj za hranice Slovenska (Misijné cesty – Bielorusko, Srbsko, Ázia, Afrika). Počet členov vo všetkých miestnych združeniach (viac ako 129) sa ustálil na počte cca. 4 463 členov.